在冷卻塔中使用殺菌劑的另一個非常重要的原因是防止軍團菌的生長，包括導致軍團病或軍團病的物種，*顯著的是嗜肺L.肺炎桿菌、[24]或鳥分枝桿菌。軍團菌是軍團病在人群中傳播的主要原因。軍團病的傳播主要是通過吸入含有軍團菌的霧滴而傳播的。軍團菌的常見來源包括用于開放循環蒸發冷卻水系統的冷卻塔、家庭熱水系統、噴泉和類似的公共供水系統的傳播者。自然資源包括淡水池塘和小溪

法國研究人員發現，軍團菌從法國加萊帕斯的一家石化工廠的一個受污染的大型冷卻塔中通過空氣傳播了6公里(3.7英里)。那次疫情導致86名經實驗室確認感染的患者中的21人死亡

漂(或風)是指工藝流程中的水滴在冷卻塔排放時允許逸出。漂移消除器是用來保持漂移率通常為0.001-0.005%的循環流量。一個典型的漂移消除器提供了多個方向的氣流變化，以防止水滴逸出。一個設計良好和安裝良好的漂移消除器可以大大減少水的損失和潛在的軍團菌或水處理化學品暴露。

CDC不建議衛生保健機構定期檢測嗜肺軍團菌。軍團菌的定期微生物監測仍然存在爭議，因為它的存在并不一定是潛在致病的證據。美國疾病控制與預防中心建議對已知傳播軍團菌的設備采取積極的消毒措施，但不建議對這種細菌進行定期的微生物檢測。但是，在軍團菌感染(例如造血干細胞移植單位或實體器官移植單位)極易導致疾病和死亡的某些情況下，可以考慮對醫院內飲用水進行定期監測。此外，在軍團病爆發后，衛生官員同意有必要進行監測，以確定傳染源并評估殺微生物劑或其他預防措施的有效性

研究發現，40%到60%的冷卻塔存在軍團菌.